Strukturę wewnętrzną Wydziału Geoinżynierii tworzą aktualnie 3 Instytuty prowadzące działalność w zakresie dyscyplin naukowych:

• inżynieria lądowa, geodezja i transport  ►INSTYTUT GEODEZJI I BUDOWNICTWA
• inżynieria środowiska, energetyka i górnictwo ►INSTYTUT INŻYNIERII I OCHRONY ŚRODOWISKA
• geografia społeczno-ekonomiczna i gospodarka przestrzenna ► INSTYTUT GOSPODARKI PRZESTRZENNEJ I GEOGRAFII

W ramach instytutów funkcjonują katedry, które realizują zarówno zadania naukowe i dydaktyczne. Na wydziale działa również jednostka pomocnicza pod nazwą Centrum Inżynierii Lądowej, której zadaniem jest prowadzenie badań oraz nadzór nad laboratoriami wydziałowymi.